As 32 equipes se dividem em oito grupos de quatro clubes cada. Cada grupo foi disputado em turno e returno. As duas primeiras equipes de cada grupo avançam para as oitavas de final.

Grupo 1
C	Clube	P	J	V	E	D	GP	GC	S
1º	Libertad	13	6	4	1	1	9	4	5
2º	América (Mex)	12	6	4	0	2	12	10	2
3º	Banfield	9	6	3	0	3	8	8	0
4º	El Nacional	1	6	0	1	5	4	11	-7

Grupo 2
C	Clube	P	J	V	E	D	GP	GC	S
1º	Necaxa	12	6	4	0	2	9	7	2
2º	São Paulo	11	6	3	2	1	11	4	7
3º	Audax Italiano	11	6	3	2	1	8	6	2
4º	Alianza Lima	0	6	0	0	6	2	13	-11

Grupo 3
C	Clube	P	J	V	E	D	GP	GC	S
1º	Grêmio	10	6	3	1	2	4	4	0
2º	Cúcuta Deportivo	9	6	2	3	1	9	7	2
3º	Deportes Tolima	7	6	2	1	3	5	6	-1
4º	Cerro Porteño	7	6	2	1	3	4	5	-1

Grupo 4
C	Clube	P	J	V	E	D	GP	GC	S
1º	Vélez Sársfield	11	6	3	2	1	6	3	3
2º	Nacional	10	6	3	1	2	9	5	4
3º	Internacional	10	6	3	1	2	7	7	0
4º	Emelec	3	6	1	0	5	3	10	-7

Grupo 5
C	Clube	P	J	V	E	D	GP	GC	S
1º	Flamengo	16	6	5	1	0	10	4	6
2º	Paraná	9	6	3	0	3	9	8	1
3º	Real Potosí	6	6	1	3	2	8	9	-1
4º	Unión Maracaibo	2	6	0	2	4	8	14	-6

Grupo 6
C	Clube	P	J	V	E	D	GP	GC	S
1º	Colo-Colo	9	6	3	0	3	12	7	5
2º	Caracas	9	6	3	0	3	7	10	-3
3º	LDU	8	6	2	2	2	7	8	-1
4º	River Plate	8	6	2	2	2	5	6	-1

Grupo 7
C	Clube	P	J	V	E	D	GP	GC	S
1º	Deportivo Toluca	12	6	4	0	2	10	6	4
2º	Boca Juniors	10	6	3	1	2	11	5	6
3º	Cienciano	9	6	3	0	3	12	9	3
4º	Bolívar	6	6	1	1	4	5	18	-13

Grupo 8
C	Clube	P	J	V	E	D	GP	GC	S
1º	Santos	18	6	6	0	0	12	1	11
2º	Defensor Sporting	9	6	3	0	3	8	7	1
3º	Gimnasia y Esgrima	9	6	3	0	3	9	10	-1
4º	Deportivo Pasto	0	6	0	0	6	3	14	-11

Tabela com jogos da Segunda Fase da Copa Libertadores da América 2007
Jogos do Grupo 1 da Segunda Fase da Copa Libertadores da América 2007
El Nacional 1 x 2 América (Mex) - Quito - 20/02
Libertad 1 x 0 Banfield - Assunção - 20/02
Banfield 4 x 1 El Nacional - Buenos Aires -27/02
América (Mex) 1 x 4 Libertad - Toluca- 01/03
El Nacional 1 x 1 Libertad - Quito - 06/03
América (Mex) 4 x 0 Banfield - Toluca - 07/03
Banfield 3 x 1 América (Mex) - Buenos Aires -21/03
Libertad 1 x 0 El Nacional - Assunção -22/03
El Nacional 0 x 1 Banfield - Quito -03/04
Libertad 1 x 2 América (Mex) - Assunção -11/04
Banfield 0 x 1 Libertad - Buenos Aires -18/04
América (Mex) 2 x 1 El Nacional -Toluca -18/04

Jogos do Grupo 2 da Segunda Fase da Copa Libertadores da América 2007
Audax Italiano 0 x 0 São Paulo - Santiago - 14/02
Alianza Lima 1 x 2 Necaxa - Lima - 20/02
São Paulo 4 x 0 Alianza Lima - São Paulo - 28/02
Necaxa 2 x 0 Audax Italiano - Aguascalientes - 28/02
Alianza Lima 1 x 3 Audax Italiano - Lima - 13/03
Necaxa 2 x 1 São Paulo - Aguascalientes -21/03
Audax Italiano 1 x 0 Alianza Lima - Santiago -29/03
São Paulo 3 x 0 Necaxa - São Paulo - 04/04
Audax Italiano 2 x 1 Necaxa - Santiago - 11/04
Alianza Lima 0 x 1 São Paulo - Lima - 18/04
São Paulo 2 x 2 Audax Italiano - São Paulo - 25/04
Necaxa 2 x 0 Alianza Lima - Aguascalientes - 25/04